Así lo hicieron y tomaron como sede el Convento de la Merced, regentado por las madres Mercedarias hasta que en 1970, como consecuencia del traslado de éstas, la Cofradía se instala en la Parroquia de San Nicolás de Bari situada en el muy bilbaíno Arenal. La Cofradía de Nuestra Señora de la Merced tiene en sus orígenes como primer Hermano Abad a don Francisco de Ibarra González, a los que suceden don Emilio de Ibarra y de la Revilla, el Excelentísimo Señor Marqués de Monte Rico, don José Antonio Olabarrieta Llaguno (todos fallecidos) y el actual Hermano Abad, Juan Antonio de Arbaiza y Churruca.

El 11 de septiembre de 1943 es aprobada canónicamente por el obispo de Vitoria.

A partir de 1944 participa en las procesiones de la Semana Santa de Bilbao, desfilando el Jueves Santo con el Paso de su propiedad "Jesús ante Anás", conocido popularmente como "La bofetada", obra de José María Garrós Reguart y el Viernes Santo con La Piedad, 1757, imagen de Juan Pascual de Mena, propiedad de la iglesia de San Nicolás y en cuyo interior se encuentra al culto.

Esta cofradía fue la primera que introdujo la música en las procesiones de la Semana Santa bilbaína. En 1969, con motivo del XXV aniversario, se modifican por la asamblea general cuatro artículos. La modificación más importante es que a partir de ese momento, no es necesario ser excautivo o pariente de excautivos para formar parte de la misma. Este mismo año, por primera vez, los Pasos Procesionales son portados por los hermanos en vez de cargadores profesionales que se contrataban en los entonces pujantes muelles del puerto de Bilbao. Asimismo, como hemos dicho, acontece un hecho determinante en la historia de la Cofradía: el abandono del convento de las Madres Mercedarias y el traslado a la parroquia de San Nicolás de Bari.

El 23 de agosto de 1983 Bilbao sufre unas graves inundaciones afectando de manera importante a la Cofradía de la Merced por cuanto todos sus enseres y pasos se guardaban en los locales al lado de la ría. Las pérdidas fueron muy cuantiosas.

Presente

Las inundaciones de Bilbao suponen un punto de inflexión en la historia de la Cofradía de Nuestra Señora de la Merced. Los daños que sufrió fueron tan cuantiosos que a punto se estuvo de no poder salir en los años siguientes. Sin embargo, con fe y perseverancia, los hermanos fueron capaces de seguir adelante y hacer que la esperanza volviese a renacer y con ilusión renovada se procesionó en la Semana Santa de 1984.

Corren nuevos vientos y en ese mismo año se modifican los estatutos para adaptarlos al nuevo código de Derecho Canónico pero respetando la esencia de los primitivos.
Los nuevos estatutos son enviados al Ministerio de Justicia para la inscripción en el Registro de Entidades Religiosas, inscripción que se consigue el 25 de abril de 1984.

Al principio de la segunda parte de la década de los ochenta surge la necesidad de agrupar los esfuerzos de todas las cofradías de Bilbao. Así, tras largas horas de reuniones y conversaciones, se firmó el 30 de diciembre de 1988 el acta fundacional de la Hermandad de Cofradías Penitenciales de la Villa de Bilbao, Hermandad a la que pertenece desde su fundación la Cofradía de la Merced. El Obispado otorgó su aprobación el 28 de diciembre de 1989. La Hermandad es la encargada de dar las directrices generales de la Semana Santa Bilbaína.

Otro hecho importante en la historia de la cofradía tiene lugar el 24 de septiembre de 1993 con ocasión de la celebración del 50 aniversario. En la comida de Hermandad los hermanos cofrades fundadores que aún vivían proponen que se modifiquen los Estatutos para adaptarlos a los nuevos tiempos y así dar entrada, a las mujeres. Esta propuesta fue ratificada por la Junta Directiva y en la Semana Santa de 1994 las mujeres desfilan junto a los hombres con igualdad de derechos y obligaciones.

Con motivo del 50 aniversario se encargó una nueva bandera que solo procesiona en momentos muy señalados como fue la Semana Santa de 1994. En el año 2002 la Cofradía se hermana con la Santa Escuela de Cristo de Orduña. Este hermanamiento ha influido de manera positiva en la Cofradía.

Futuro

La Cofradía de Nuestra Señora de la Merced camina hacia el futuro con paso firme, sin olvidar, en ningún momento, sus raíces, su esencia y las enseñanzas de todos aquellos que formaron parte de la misma.

Se recogerán los frutos en su día sembrados que no son otros que el amor por lo que es y lo que representa la Semana Santa.