La primitiva sede fue, como hemos visto, el convento de la Madres Mercedarias hasta que en 1970 la Cofradía se tuvo que trasladar a la iglesia de San Nicolás de Bari.
La primera piedra de esta iglesia fue colocada el 6 de diciembre de 1743 siendo inaugurada el 11 de agosto de 1756. Para festejarlo se celebraron los días 19, 20 y 21 de agosto corridas de toros en el Arenal.
Es tradición que los bilbaínos vayan el 3 de febrero, festividad de San Blas, a bendecir los cordones y caramelos de malvavisco, para proteger la garganta.
En la fachada destaca el escudo de Bilbao (puente e iglesia de San Antón y dos lobos que representan a la familia Haro de la que desciende el fundador de la Villa). Sobre la puerta principal, en el tímpano, un relieve en bronce que representa al obispo San Nicolás con varias familias de pescadores. También puede verse una pequeña placa metálica indicando el límite alcanzado por las aguas en las inundaciones del 23 de agosto de 1983.
Cofradía de Nuestra Señora de la Merced de Bilbao